一般論になりますが、組合の提示に納得がいかない場合に、自分が正当と考える根拠、理屈を組合に押し付けないことです。

権利変換にしましても補償にしましても「根拠」「理屈」は組合が決めるものであって、押し問答でどうにかなるものではないのです。そうではなく、「事実」に注意を払うべきです。事実には様々なものが含まれます。そして組合が解決のレールを示してくるようであれば、そのレールに乗って自分の要求を膨らませていくことです。
もちろん組合がオーバーランと考えれば、一定のラインでストップするよう求めるかもしれません。その場合はそこでいいかを再検討することです。

これが交渉です。

不利益というわけではないかもしれませんが、権利変換計画に記載された従前資産評価に不服がある場合、収用委員会に価額裁決の申請ができるのですが、この申請ができなくなります（都市再開発法８５条１項）。従って、簡単でいいですから意見書を出しておくべきかもしれません。

２つあると思います。１つは権利変換通知にも書いてあると思いますが、訴訟などを起こすことです。通知を受け取ってから６ヶ月以内です。もう１つは粘り強く組合と交渉することです。一旦権利変換になってもその変更は可能です。もちろん交渉がまとまったうえで、再縦覧や組合の決議が別途必要ですが。

素朴な疑問です。再開発の大きな特徴は、区域内に組合事務所があり、担当者が常駐して、頻繁に相談にのってくれることです。しかし、再開発は慈善事業ではありません。一見親身にみえますが、組合に不利益なことは教えてくれません。この点は大きな誤解があるようです。決して間違っているわけではないが、組合に不利益になるあそれのあることは隠す、曖昧にするなどは常套手段です。そこを問いただしていかないと組合（実際は参加組合員であるデベロッパー）の利益が最優先されてしまいます。また「弁護士さんに相談されるんですか？弁護士費用かかるだけですよ。組合にも顧問弁護士がいますからご紹介しましょうか」などと言ってくる組合さえあります。組合の顧問弁護士が中立であるはずはありません。